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A partir de ces travaux, il est démontré que la diminution des espèces est liée à la réduction de leur espace naturel et aux activités humaines. Elle n’est pas proportionnelle à une quelconque intrusion d’espèce sur notre littoral.
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La prolifération des discours sur l’invasion s’apparente selon les spécialistes à une xénophobie classique calquée sur le règne animal où se mêlent méfiance de l’étranger, défense de son pré-carré (réserve des naturalistes), méconnaissance de l’histoire et conservatisme réactionnaire. Quoi de plus logique d’entendre de la bouche des partisans de la disparition de l’ibis sacré, la dialectique des régimes totalitaires. On peut alors s’interroger sur la différence de traitement entre l’ibis falcinelle et l’ibis sacré : le premier, récemment arrivé, dont la reproduction fut observée dans l’Ain en 1961, est accepté comme autochtone ; le second reste un oiseau considéré comme allochtone.
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Il est mis en évidence que l’ibis sacré n’est pas une espèce invasive mais une espèce au contraire fragile, aucun cas de prédation sur d'autres oiseaux n’est démontré, l’espèce est protégée par l’annexe II de la Convention de Berne, il s’agit d’un oiseau d’Europe et de la zone paléarctique et non véritablement introduit, occupant une niche écologique libre, sa présence ayant permis par cohabitation de renforcer d’autres espèces menacées (comme la spatule blanche).
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Par ailleurs, il n’y a pas eu de comptage sérieux de l’ibis (le chiffre de 5000 est arbitraire, donné par la poignée de détracteurs de l’espèce en question), la destruction par tirs des ibis en période de nidification est catastrophique pour toutes les espèces protégées (ramassage des cadavres, bruits, propagation de maladies dues à la décomposition des corps non ramassés, déplacement sur les zones humides des agents de l’ONCF...), le ministère et les préfectures ne devaient plus prendre un tel arrêté, cette décision est illégale, des tirs avant arrêté ont bien eu lieu, etc. La liste est encore longue !
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Les responsables du rapport de mars 2005, Messieurs Philippe Clergeau, Pierre Yésou et Madame Céline Chadenas, non-spécialistes de la question, ont réalisé un rapport à charge. Truffé de contradictions, voire notre analyse à ce sujet, ce rapport commandé par le ministère de l’Ecologie et des préfectures a tout de même le mérite de ne pas conclure à l’éradication de l’espèce et d’avouer que les connaissances à son sujet ne permettaient pas de prendre une décision.
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Les opérations d’élimination de l’ibis sacré, récemment évoquées dans la presse, font état de 3000 tués. Si cette élimination et ce comptage se sont faits dans le plus grand secret, nous avons tout de même une certitude : l’impact catastrophique des opérations d’abatage sur les autres espèces protégées. Ainsi, en prévoyant une campagne de destruction sur toute l’année 2008, l’arrêté a mis directement en danger d’autres espèces, aucune disposition n’ayant été prise pour préserver les périodes de nidification et de reproduction des espèces vivant au milieu des colonies d’ibis sacrés (Aigrette, Grand Cormoran, Héron, etc.), prévoyant des tirs de nuit susceptibles de provoquer une forte perturbation, voire des abandons de nidification d’espèces présentes dans les colonies ou les dortoirs mixtes où l’Ibis sacré est présent. C’est notamment le cas sur l’île de Bacchus, où existe une colonie de Grand cormoran au milieu de celle de l’Ibis sacré. Déjà, dans le Golfe du Morbihan, de précédentes campagnes de destructions d’ibis sacrés ont entraîné la disparition de la colonie de Govihan, et du même coup provoqué la disparition en 2007 de la plus grande colonie mixte d’espèces protégées du Morbihan (Aigrette garzette, Grand Cormoran, Héron cendré).
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Enfin, cette obstination destructrice est la conséquence de la manipulation de l’opinion et des pouvoirs par une poignée de personnes, parlant au nom de tous. De nombreux témoignages nous sont parvenus d’observations bidonnées. MM. Yésou et Clergeau avec quelques relais locaux, notamment adhérents de la SEPNB (Bretagne " Vivante ") et de la LPO, ont occulté tout débat en écartant les principaux spécialistes et en trompant élus et Préfets. En dépit de la demande répétée de notre collectif, formulée auprès des Préfectures après avoir été reçu, aucune concertation n’aura pu se mettre en place, dans laquelle des spécialistes de la communauté scientifique de tous bords auraient pu analyser véritablement la place de l'ibis sacré dans les écosystèmes puis, décider en connaissance de cause. D’ailleurs, ni le CNRS, ni notre collectif fort de ses 1400 soutiens, regroupant un grand nombre de scientifiques, de biologistes et de physiciens de plusieurs nationalités, n’ont été invités à une quelconque réunion au sujet du devenir de cet oiseau.